Dado que los murciélagos viven en colonias muy grandes, no resulta difícil para ellos encontrarse entre sí para aparearse, sin embargo, los machos y las hembras suelen permanecer segregados, a menos que estén listos para aparearse. Una vez que las hembra está embarazada, formarán una colonia de maternidad en una sub-área de la colonia.
La temporada de cría del murciélago es en la primavera, cuando las temperaturas son más cálidas. Esta también parece ser la época del año cuando pueden encontrar la mayor cantidad de suministros alimenticios. Normalmente sólo tienen una temporada de reproducción, pero, es posible que un murciélago hembra tenga una, dos o incluso tres camadas en ese periodo de tiempo, sin embargo, sólo una cría nacerá por vez.
Puede ser un proceso difícil para un murciélago madre cuidar a sus crías. Ella debe ser capaz de continuar volando para alimentarse durante el embarazo. El murciélago pequeño beberá la leche de cuerpo de la madre y cuando las crías nacen no tienen alas completamente desarrolladas. Una vez las desarrollan serán capaces de buscar su propio alimento. Una vez que sus alas están bien desarrolladas, no pasará mucho tiempo antes de aventurarse por su cuenta. Dependiendo de la especie de murciélago, pueden ser totalmente independientes a partir de seis semanas de edad, razón por la que tantas especies de murciélagos son capaces de reproducirse con éxito varias veces en una temporada determinada.
Mientras los jóvenes son atendidos, por lo general cuelgan del vientre peludo de su madre, donde duermen y comen, además de mantener el calor de sus cuerpos. Es común que muchas de estas madres y jóvenes se apiñen para mantenerse lo suficientemente caliente.
Muchos expertos están fascinados con el proceso de reproducción del murciélago. La hembra es capaz de manipular el tiempo de su embarazo y el nacimiento de las crías, para que este ocurra durante el período de tiempo cuando los factores ambientales sean los mejores.
Dado que estos factores pueden ser diferentes en los diferentes entornos donde viven los murciélagos, la observación de estos comportamientos resulta bastante interesante. Este control le ayuda a dar a los jóvenes las mejores posibilidades de sobrevivir. Con el fin de obtener dicho control, es posible que la hembra retrase el proceso de fertilización de sus huevos, pueden aparearse, pero no permitirán que el esperma se una al huevo hasta que estén listas. Con esto en mente, es posible que el proceso de apareamiento tenga lugar en otoño y, sin embargo, la hembra no liberará los espermatozoides hasta la primavera.
A pesar de todo esto, el murciélago es considerado uno de los animales más lentos cuando se trata de la reproducción, por lo que existen grandes preocupaciones cuando un gran número de murciélagos son asesinados por los humanos que destruyen su hábitat. También existe un gran número de ellos en vías de desaparición debido al síndrome de la nariz blanca, un tipo de hongo.
Bajo las condiciones adecuadas, un murciélago puede vivir aproximadamente 20 años en estado salvaje. Algunas especies parecen tener vidas más largas que otras.